Geboren wurde Günter Naumann am 17. November 1925 in Chemnitz. Nach dem Schulabschluss absolvierte er eine Ausbildung zum Betonbauer und begann danach ein Studium der Architektur. Das konnte Naumann nicht beenden, weil er zur Wehrmacht einberufen wurde. Zum Ende des Zweiten Weltkrieges geriet er in Gefangenschaft. Zurück in Freiheit beschäftigte er sich zunächst mit Malerei, bevor er im Jahr 1950 in Leipzig ein dreijähriges Schauspielstudium aufnahm. Im Anschluss bekam er sein erstes Engagement an den Städtischen Bühnen in Chemnitz. 1957 wechselte Günter Naumann an das Berliner Ensemble, wo er in zahlreichen Inszenierungen bedeutende Rollen verkörperte und zu einem gefragten Charakterdarsteller avancierte. Es folgte sein Debüt als Filmschauspieler der DEFA. So war er unter anderem in Frank Beyers Antikriegsfilm „Fünf Patronenhülsen“ in der Rolle des Jugoslawen Dimitri zu sehen. Im Jahr 1970 wechselte Naumann vom Theaterfach zum Fernsehen und gehörte zum Schauspielerensemble des Deutschen Fernsehfunks (Fernsehen). Großer Beliebtheit erfreute er sich etwa als Chief in der Serie „Zur See“ (1977) oder als Neidhardt von Gneisenau in „Scharnhorst“ (1978). Drei Jahre darauf verkörperte er den renommierten Arzt und Forscher Robert Koch in einer Reihe über die Anfänge der Berliner Charité. In den Kriminalfilmreihen „Polizeiruf 110“ und „Der Staatsanwalt hat das Wort“ war er auch des Öfteren zu sehen. 1982 wurde Günter Naumann mit dem Nationalpreis der DDR geehrt. Ende der Achtziger wechselte er in die Rolle des Ermittlers und spielte im „Polizeiruf 110“ den Hauptmann (ab 1990 Hauptkommissar) Beck. Die

Rolle des von Naumann dargestellten Hauptkommissars Beck wurde auch nach dem Ende des DDR-Fernsehens erhalten. Im wiedervereinigten Deutschland war Naumann zum Beispiel in Serien „Marienhof“, „In aller Freundschaft“ und „SOKO Leipzig“. 1997 kehrte er als Hauptkommissar Beck für einen Fall in die Reihe „Polizeiruf 110“ zurück unter der Regie von Andreas Dresen.
Am Freitag, dem 6. November 2009, erlag Günter Naumann in einem Krankenhaus in Berlin-Köpenick den Folgen einer Herzkrankheit.