Peter Schamoni wurde am 27. März 1934 in Berlin geboren und wuchs in einer Familie von Filmschaffenden auf: Sein Vater Victor war Kunsthistoriker und Cineast, seine Brüder Thomas, Victor jun. und Ulrich waren auch im Filmbusiness tätig. Peter Schamoni wuchs in Iserlohn und Münster auf. In Münster machte er im Jahr 1954 sein Abitur. Danach nahm er ein Studium in Kunstgeschichte, Philosophie und Germanistik auf, das er 1955 in München fortführte. Er arbeitete als Regieassistent an den Staatstheatern in Stuttgart und München und begann damit, eigene Experimental-Kurzfilme zu produzieren. Sein erster Kurzfilm mit dem Titel „Moskau 1957“ wurde vom damaligen Bundespräsidenten Theodor Heuss mit dem Photokinapreis im Wettbewerb „Jugend filmt“ ausgezeichnet. 1966 erhielt Peter Schamoni den Silbernen Bären auf der Berlinale 1966 für seinen Film „Schonzeit für Füchse“. Sieben Jahre später bekam er eine Oscar-Nominierung für den Dokumentarfilm „Friedensreich Hundertwasser – Hundertwassers Regentag“. Außerdem gewann er unter anderem viermal den Bayerischen Filmpreis.
Peter Schamoni lebte in München und Seeshaupt am Starnberger See. Er starb am 14. Juni 2011 in München und hinterlässt einen Sohn.