Aufgrund ihrer geringen Größe und ihrer rein intrazellulären Vermehrung wurden Chlamydien bis in die 60er Jahre als Viren eingestuft. Erst 1966 wurden sie den Bakterien zugeordnet, die auch den Menschen infizieren können. Sie lösen Erkrankungen der Schleimhäute im Augen-, Atemwegs- und Genitalbereich aus. Die für den Menschen gefährlichen Arten sind Chlamydophila pneumoniae, die ursächlich für Lungenentzündungen sein kann, und Chlamydia trachomatis, die Bindehautentzündung und Entzündungen im Genitalbereich hervorrufen kann. Die Folgen einer Infektion reichen im schlimmsten Fall bis zu Erblindung oder Unfruchtbarkeit. Beispielsweise sind Chlamydien die häufigste Ursache für vermeidbare Erblindungen in den Entwicklungsländern. In Deutschland treten sie als eine der häufigsten Ursache von sexuell übertragbaren Erkrankungen dar und können zu Eileiterschwangerschaften, Frühgeburt, Unfruchtbarkeit oder Arthritis führen, was meist erst Jahre nach der Infektion erkannt wird.

Des Weiteren gibt es Hinweise darauf, dass eine bestehende Infektion mit Chlamydien die Ansteckung mit anderen sexuell übertragbaren Krankheiten – einschließlich der Infektion mit dem HI-Virus – bei ungeschütztem Geschlechtsverkehr erleichtern kann. Der Gebrauch von Kondomen beim Geschlechtsverkehr verringere die Gefahr einer Ansteckung enorm, allerdings bieten auch sie keinen 100-prozentigen Schutz.
Die Infektion mit Chlamydophila trachomatis ist die in Europa am häufigsten auftretende sexuell übertragbare Krankheit mit bakterieller Ursache. In Deutschland beträgt ihre Krankheitshäufigkeit bei minderjährigen Mädchen 5,4 Prozent. Dieser erhöht sich in Abhängigkeit von der Zahl der Sexualpartner. In deutschen Großstädten etwa sind bis zu zehn Prozent der jungen Frauen infiziert.